2019年6月，根据丽水市机构改革方案，在原丽水市农业科学研究院、原丽水市林业科学研究院基础上，丽水市农林科学研究院成立。

内设机构为 “一办二处八所”，即办公室、科技管理与地方合作处、计财与后勤保障处和农作物、食用菌、茶叶、中药材、现代林业、竹类与特色经济林果、野生动物保护与特色养殖、农林产品加工八个研究所，另设直属机关党委；我院拥有国家茶叶产业技术体系丽水综合试验站、国家食用菌产业技术体系丽水综合试验站、中华人民共和国科技部国家食用菌工程技术研究中心浙江食用菌安全生产技术示范基地、丽水农科教旅一体化基地。

现有在编人员90人，其中正高职称12人，副高职称27人，中级职称36人，博士6人，硕士36人。近5年来，在全体科技人员的共同努力下，共有89项科研成果通过省、市成果鉴定或验收；共获省、市级各类成果奖61项（次），其中获省部级奖17项、市厅级奖44项；共获得发明专利授权40余件；共出版专著39部，在核心期刊上发表学术论文320余篇；共选育成功新品种19个；育成的农作物品种在丽水地区年均推广面积保持在10万亩左右，产生显著的社会、经济和生态效益。